В соответствии с приказом МВД России от 15 июля 1996 года  образован «Окружной госпиталь СЗО ВВ МВД России».

2 мая 2001 года введен в действие новый штат «Окружного госпиталя Северо-Западного округу внутренних войск МВД России» (на 150 коек), утвержденный приказом Главнокомандующего внутренними войсками МВД России. Решением Комитета управления Государственным имуществом г. Санкт-Петербурга в 2001 году госпиталю передано здание детского сада, где в настоящее время развернуто управление госпиталя.

В связи с аварийным состоянием помещений госпиталя, командованием внутренних войск в 2007 году было принято решение на проведение капитального ремонта госпиталя, а медицинский персонал госпиталя с 2010 года был прикомандирован к Клиническому госпиталю МСЧ МВД по СПб и ЛО.

27 июля 2016 года приказом директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации – главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации  госпиталь переименован в Федеральное казенное учреждение здравоохранения «3 военный госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации» (войсковая часть 5565). 19 апреля 2017 года приказом директора Федеральной службы войск национальной гвардии Российской Федерации – главнокомандующего войсками национальной гвардии Российской Федерации госпиталь переименован в Федеральное государственное казенное учреждение здравоохранения «3 военный госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации» (войсковая часть 5565). 16 февраля 2024 г. из штата госпиталя исключено условное наименование – «войсковая часть 5565».

В 2020 году, в связи с резким обострением эпидемиологической обстановки по новой коронавирусной инфекции, а также необходимостью развертывания коек для лечения военнослужащих и сотрудников округа, госпиталь частью сил и средств был развернут в поселке Лебяжье, на базе войсковой части 3526.
С момента основания госпиталя, личный состав приступил к оказанию медицинской помощи военнослужащим внутренних войск МВД РФ, а в настоящее время военнослужащим, сотрудникам, гражданскому персоналу, пенсионерам Росгвардии.

Основные периоды деятельности:
- оказание медицинской помощи, лечение и реабилитация раненых и больных военнослужащих, принимавших участие в контртеррористической операции в Северо-Кавказском регионе (1997 – 2007 гг.);
- оказание медицинской помощи военнослужащим Северо-Западного регионального командования внутренних войск МВД России (2007 – 2010 гг.);
- оказание медицинской помощи по лечению военнослужащих и сотрудников в ФКУЗ «Клинический госпиталь МСЧ МВД по Санкт-Петербургу и Ленинградской области» (2010 – 17 мая 2020 гг.).

С 18 мая 2020 года личный состав госпиталя приступил к осуществлению медицинской деятельности в здании медицинской роты войсковой части 3526, расположенной по адресу: Ленинградская область, Ломоносовский район, поселок Лебяжье.

 Вот некоторые показатели работы госпиталя за последние 5 лет:
- в госпитале было пролечено свыше 300 пациентов с новой коронавирусной инфекцией;
- с 24 февраля 2022 года по настоящее время в госпитале пролечено свыше 700 раненых и больных военнослужащих и сотрудников из района проведения специальной военной операции;
- военнослужащие госпиталя принимали участие в медицинском обеспечении контингента в САР и группировок войск в районе проведения СВО.

В 2025 году в штат госпиталя введено «Отделение военно-врачебной экспертизы».

Задачи выполняемые госпиталем:
- оказание медицинской помощи больным и пострадавшим в установленном объеме;
- проведение лечебно-эвакуационных мероприятий;
- санитарно-эпидемиологический  надзор за условиями жизнеобеспечения военнослужащих;
- организация и проведение санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий;
- проведение военно-врачебной экспертизы;
- медицинское снабжение СЗО войск национальной гвардии.

Госпиталь укомплектован современным медицинским оборудованием, позволяющим проводить диагностические и лечебные процедуры:
- лучевая диагностика (рентгеновский аппарат, флюорограф, радиовизиограф, компьютерный томограф, маммограф, аппараты ультразвуковой диагностики);
- функциональные исследования (аппараты электрокардиографии, холтеровского мониторирования экг и артериального давления, велоэргометр, аппарат электронейромиоргафии, аппарат электроэнцефалографии, спирограф);
- лабораторная диагностика (мочевой анализатор, анализаторы для определения общеклинических, биохимических и иммунноферментных показателей крови);
- рабочие места врача-офтальмолога и лор-врача;
- кабинеты  врачей специалистов: терапевта, хирурга, дерматовенеролога, психиатра; онколога, кардиолога, невролога;
 эндоскопический и стоматологические кабинеты;
- кабинет физиотерапии и лечебной физкультуры;
- аптека госпиталя;
- бактериологическая лаборатория;
- отделение военно-врачебной экспертизы.

В настоящее время ежегодно проходят лечение в стационарных условиях свыше 1500 пациентов, свыше 50000 пациентов получают консультативно-диагностическую медицинскую помощь и проходят освидетельствование ВВК свыше 1400 человек.